Asimismo, el CNA en virtud de su Ley constitutiva, apoya la consolidación de las instituciones u órganos de control superior que se ocupan de prevenir, detectar, sancionar y erradicar la corrupción, en particular: la Corte Suprema de Justicia, el Ministerio Público, el Tribunal Superior de Cuentas, la Procuraduría General de la República y el Tribunal Supremo Electoral.
Para una lucha más racional y efectiva contra la corrupción el CNA plantea que los órganos de control superior deben ejercer sus respectivas competencias y decisiones con independencia y coordinación, para asegurar la vigencia efectiva del Estado de Derecho que garantice el disfrute real de la democracia y el ejercicio de los derechos humanos de los hondureños y hondureñas.
A fin de asegurar la eficacia de las políticas, estrategias y acciones anticorrupción, esta institución propone que se respete la autoridad de sus titulares y que se contribuya -por parte del Estado- a su consolidación institucional, a dotarles, sin dilación y con seguridad, de las correspondientes asignaciones presupuestarias que les permitan proseguir sistemáticamente su labor y cumplir debidamente con su obligación de rendir cuentas, al pueblo, de la eficiencia y eficacia de su gestión.
Igualmente el CNA reconoce a dichos órganos e instituciones que teniendo presente la independencia de cada uno de ellos y su papel decisivo en la lucha contra la corrupción, están realizando acciones concretas conducentes a institucionalizar la coordinación entre ellos, para el combate efectivo de la corrupción e impunidad en Honduras.