Francisco Morazán y José Cecilio del Valle representan las dos posibilidades que tuvo la Federación de Centro América de sobrevivir y desarrollarse. Tanto la espada como la razón iban a ser necesarias en un emprendimiento en medio de tantas dificultades. Que la lucha resulta infructuosa no le quita nobleza y gloria a la gesta.
Valle era un ilustrado. Propulsor del desarrollo intelectual como única forma de salvar a estos pueblos del abismo que podía concebir con su lúcido pensamiento, y que sus contemporáneos muchas veces veían como un conservadurismo o timidez. Valle sabía que al haber removido los niveles de gobierno superiores existentes, y al haber despertado las pasiones políticas de la población como una novedad, apenas sería posible salvar el Estado por medio de la ley y la cultura. Su respeto estaba basado en las letras (ya que nunca empuñó un arma) y aunque se le identificaba como conservador, no era reaccionario.
Morazán era un guerrero. Aunque tenía una erudición autodidacta considerable, la fuente de su poder y legitimidad habían sido las armas. Entre 1827 y 1829 había salvado una unión que había estado cerca de perecer, y esto le daba una legitimidad considerable para ocupar la Presidencia. No era un dictador, ya que finalizando su periodo presidencial permitió una libre elección que resulto en el triunfo de Valle.
Los problemas de la Federación eran muchos, producto del atraso abismal que tenían estas tierras debido a la negligencia del gobierno colonial. Una minoría muy pequeña (concentrada en Guatemala y de menor forma en las capitales regionales) tenía un nivel educativo mayor al rudimentario, y la falta de comunicaciones limitaba la experiencia de convivencia y conocimiento del mundo exterior.
Otro problema importante era la relación del gobierno central con los estados. Generalmente, el federalismo requiere un alto grado de cultura política para construir un equilibrio entre las fuerzas centrifugas (separatistas o autonomistas, identificadas como conservadoras) y centrípetas (centralizadoras, identificadas como liberales). La cultura política en los diferentes estados era escasa, y estos fácilmente caían en ilegalidades y luchas de facción, aparte de no respetar al gobierno central.
Sin embargo, para 1834 la Federación había sobrevivido un periodo constitucional presidencial completo. La elección de Valle representaba un giro hacia un gobierno federal menos dominante, y una mayor paciencia con los sectores marginados o excluidos del poder. Los estados estaban en manos de elites criollas de sus capitales, con poca experiencia de gobierno, por lo que tendían a considerar primariamente sus intereses.
Hubiese correspondido al gobierno federal crear un balance. El fallecimiento de Valle antes de tomar posesión de la presidencia fue un desafortunado accidente (él representaba este equilibrio). Al tener que elegirse a Morazán de nuevo, pues no había más candidatos con un liderazgo regional, regresa a una función casi imposible de cumplir.
En Guatemala el estado comienza a oprimir sectores de su población, y las fuerzas de la reacción conspiran y promueven su caída. Estos problemas en sí no son causados por la federación, pero ésta se ve obligada a defender este Estado. La terrible guerra civil centroamericana (1837-40) destruye las instituciones, las economías, y la confianza en el futuro de la población. Después de esto habrá que construir estados desde cero, con los escombros de esa hecatombe. Solo consideremos que no tuvimos un líder civilista (que no hubiese participado en usar las armas para luchar por el poder para él o su facción) como Valle en Honduras hasta avanzado el siglo XX.
Posiblemente la elección de Valle hubiese dado una oportunidad de vida a la Federación. De haberse dado una alternancia entre un liberalismo y un conservadurismo progresista, se pudo haber construido una república estable. Esta no se pudo lograr por las enormes fuerzas en contra, es más bien casi milagroso que el experimento haya durado tanto. Nos queda el recuerdo de los dos hondureños más grandes de la historia, que soñaron y construyeron (por un breve tiempo) una Patria Grande, la cual añoramos siglos después.
