El ciclón azul nació para ser uno de los grandes protagonistas del fútbol hondureño y a lo largo de su historia ha conquistado títulos nacionales y centroamericanos que les colocan en lugares preferenciales del deporte hondureño.
La dedicación de sus directivos, entre los que figuran desde el general Tiburcio Carias Andino, Pedro Atala Simón, Salvador Lamas, doña Tina Chinchilla, doña Tina Bulnes, Pio Votto, Mario Rivera López, Leonel Giannini ,y Marco Tulio Gutiérrez..
En la actualidad los nuevos dirigentes de Motagua son jóvenes que mantienen el club en los lugares dignos. Actualmente Motagua es presidido por Javier y Pedro Atala.
Motagua se encuentra en el quinto lugar en la tabla de posiciones de la liga hondureña, posición que comparte con el Real Club España, con 11 puntos por lado.
Su último título nacional, la copa número 11, la alcanzó en el torneo de apertura 2006 – 2007 bajo la dirección técnica de Ramón el “primi” Maradiaga, quien durante su etapa como futbolista se destacó como el capitán eterno de las águilas.
Los aficionados y jugadores de las águilas también son parte de los actores que componen la familia azul y su incondicional apoyo se manifiesta en cada jornada deportiva rodeada del calor de sus hinchas que le acompañan a cualquier cancha dentro y fuera del país.
Sus jugadores mantienen vínculos entrañables con el equipo y pese a que muchos han pasado al futbol internacional siempre que pueden regresan a dar su cuota al equipo de sus amores. Tal es el caso del Amado “el lobo” Guevara.
Estrellas como Rubén Guiifarro, Mario Artica, Mariano Godoy, Popo Godoy, Zacarías Arzu, Nelson Benavides, Chema Durón, el “Nene Obando, Chito Reyes, “Primi” Maradiaga”, Roxne Romero, “Pìchini” Bernárdez, “Lyn” Zelaya, “Toño” Obando, “El Venado” Castro son entre otros, parte de los motaguas que marcaron época en el futbol nacional.
Héctor “Pecho de águila” Zelaya, uno de los defensas motaguenses se convirtió en el anotador del primer gol de Honduras en un mundial, (España 1982), inscribiendo a su club en la historia del fútbol mundial.
Motagua fue fundado el 29 de agosto de 1928 por el poeta y deportista Marco Antonio Ponce, y el señor Marco Antonio Rosa entre otros. Éstos, bautizaron al equipo como ‘Motagua’, mismo nombre del río que por algún tiempo; fue motivo de conflicto entre Honduras y Guatemala y que sirve de límite entre ambas naciones centroamericanas.
