Aguilar se desempeñó en los años de 1990-1994 como subsecretario de Economía, en el el gobierno del extinto ex presidente, Carlos Roberto Reina, y era un destacado miembro del Partido Liberal.
Fue catedrático universitario en el Postgrado Centroamericano de Economía, columnista del diario La Tribuna, miembro y directivo del Colegio de Economistas de Honduras, impulsor de la cultura y la generación del conocimiento, analista, escritor y un amplio conocedor de la integración centroamericana y la globalización económica.
Aguilar fue también miembro fundador del desaparecido Foro Ciudadano que en los años noventa e inicios del presente milenio impulsó procesos de reforma en materia de seguridad y gobernabilidad democrática.