Emilio Izaguirre nació el 5 de octubre de 1986 en Tegucigalpa, Francisco Morazán, y actualmente es integrante del club deportivo Motagua.
Desde el año 2004 Izaguirre forma parte del Motagua, club con el que tuvo la oportunidad de adjudicarse el torneo de Liga Nacional de Fútbol de Honduras Apertura 2006-2007 el 17 de diciembre de 2006.
Durante el Apertura 2007-2008; Izaguirre tuvo nuevamente la oportunidad de disputar otra final con el Motagua, pero su equipo cayó en el partido final ante el Club Deportivo Marathón por 0-2.
Izaguirre también fue parte fundamental, para que el Club Deportivo Motagua se coronara campeón del último torneo interclubes de la UNCAF 2007.
Fue precisamente Emilio quien envió el pase del gol que anotara el brasileño Josimar, y con el cual su equipo lograra el título centroamericano.
En ese mismo año Izaguirre recibió el reconocimiento como el mejor jugador de la Liga Nacional.
Izaguirre participó con la selección juvenil de Honduras que clasificó al mundial de Holanda 2005. Luego de la clasificación, Izaguirre también fue parte del equipo que participó en Holanda, pero los resultados fueron desastrosos en contra de rivales como Chile, Marruecos, y España.
En el 2007, Izaguirre dio el salto a la selección mayor y formó parte del equipo nacional de Honduras que logró la clasificación a la Copa de Oro de la Concacaf.
Igualmente Izaguirre fue convocado por el técnico Alexis Mendoza; a formar parte de la selección sub 23 que disputó la clasificación a los Pre-Olímpicos del 2008.
Posteriormente, Izaguirre pasó a formar parte de la selección de fútbol de Honduras que peleaba su boleto rumbo a Sudáfrica 2010 y del Torneo de Naciones UNCAF 2009.